La principale application de la spectrométrie de masse MALDI -TOF en microbiologie clinique est l’identification des microorganismes par analyse de leurs protéines totales (protéines ribosomales et protéines associées aux membranes). Cette technique permet d’identifier la plupart des bactéries en quelques minutes seulement. La méthode est rapide, précise, fiable et coût-efficace par comparaison aux méthodes phénotypiques conventionnelles. D’autres applications de la spectrométrie de masse MALDI-TOF sont en cours de développement, telles que la mise en évidence de toxines bactériennes ou de mécanismes de résistance aux antibiotiques.