L'autophagie est un processus du catabolisme cellulaire dont le rôle premier est de maintenir l'homéostasie en dégradant et recyclant continuellement des composants cytoplasmiques. Du fait de sa capacité destructrice, l'autophagie offre également à chaque cellule un moyen de défense contre des pathogènes présents dans le cytoplasme. Aussi, la co-évolution entre cellules hôtes et pathogènes a sélectionné de nombreux micro-organismes capables d'échapper à l'autophagie, voire de détourner ce mécanisme pour leur propre compte. Dans la perspective de manipuler l'autophagie dans des stratégies de prévention ou thérapeutiques de maladies infectieuses, il est important de comprendre, non seulement les mécanismes régulant l'autophagie antimicrobienne, mais aussi ceux utilisés par certains pathogènes pour y échapper ou en tirer parti.