Les sarcomes constituent un groupe hétérogène de tumeurs de classification complexe et peu reproductible. Cependant, au cours des dix dernières années, de nombreuses anomalies génétiques spécifiques ont été décrites, permettant une classification moléculaire : 1) sarcomes avec translocation spécifique qui peut être utilisée comme marqueur diagnostique. Ces translocations peuvent être mises en évidence par RT-PCR ou par technique de FISH avec plusieurs sondes encadrantes disponibles dans le commerce; 2) sarcomes avec un profil génomique simple caractérisé par la présence d’amplifications. Les liposarcomes bien différenciés, les liposarcomes dédifférenciés et les sarcomes intimaux montrent un tel profil caractérisé par une amplification des gènesMDM2etCDK4associée à une amplification d’autres gènes dans le liposarcome dédifférencié; 3) sarcomes avec une mutation activatrice : environ 90 % des GIST montrent une mutation d’un gène codant pour un récepteur à activité tyrosine-kinase, soit KIT, soitPDGFRA. Les mutations les plus fréquentes impliquent l’exon 11 deKITsuivi par l’exon 9 deKITet l’exon 18 dePDGFRA. La mise en évidence de ces mutations est utile pour le diagnostic des rares GIST, négative pour le CD117 en immunohistochimie et surtout pour prédire la réponse à l’imatinib et également pour expliquer la résistance secondaire à l’imatinib; 4) sarcomes avec mutation inactivatrice : tumeur rhabdoïde maligne avec une inactivation biallélique du gèneINI1qui peut être mise en évidence par immunohistochimie; 5) les autres sarcomes montrent un profil génomique complexe caractérisé par de nombreux gains et des pertes géniques, avec fréquemment perte du gèneRB1et altération de p53. Les léiomyosarcomes, rhabdomyosarcomes pléomorphes, liposarcomes pléomorphes, myxofibrosarcomes et sarcomes peu différenciés (anciens histiocytofibromes malins et fibrosarcomes) appartiennent à cette catégorie et ne montrent pas d’anomalie spécifique.