Le diagnostic de la maladie de Chagas en phase chronique repose actuellement sur la sérologie. Dans l'idéal, hors zone d'endémie, il doit systématiquement associer l'IFI et un Elisa. Une troisième technique doit être disponible pour les discordants. Il n'y a pas actuellement de technique de référence indiscutable. L'expérience de dépistage ciblé fait sur 254 patients d'origine bolivienne en région parisienne est cohérente avec les données de l'OMS et la bibliographie, avec 165 patients négatifs, 69 positifs et 20 cas indéterminés sur 254 sujets. La PCR, dont la sensibilité est au mieux de 70 %, n'a pas d'intérêt diagnostique en première intention. Il n'y a ni trousses commerciales ni techniques standardisées. Il y a un consensus pour l'utilisation des amorces TCZ1-TCZ2 (dont la cible se trouve sur l'ADN nucléaire) qui ont l'avantage d'une spécificité de 100 % et permettent l'amplification de toutes les souches de Trypanosoma cruzi quelle que soit la lignée. Cette technique n'a d'intérêt que chez des patients dépistés par la sérologie, pour éventuellement confirmer un diagnostic ne reposant que sur une seule technique sérologique ; elle peut servir à évaluer les échecs de traitement. Ses modalités de réalisation doivent tendre à une amélioration de la sensibilité.