La diversité génétique de Plasmodium falciparum est généralement importante. Son étude permet de différencier les souches présentes chez un individu avant et après un traitement antipaludique, ou de vérifier si plusieurs individus ont été infectés par les mêmes parasites. L'interprétation des résultats du test in vivo d'efficacité des antipaludiques recommandé par l'OMS nécessite de distinguer les recrudescences des nouvelles infections lorsque la réapparition d'une parasitémie après un traitement suggère un échec thérapeutique et une résistance à ce traitement. Pour cela, des méthodes de biologie moléculaire comme les PCRs nichées se sont à présent démocratisées au point qu'elles peuvent être réalisées dans la plupart des zones d'endémie. Un effort de standardisation du génotypage de P.falciparum effectué pour distinguer les recrudescences des nouvelles infections a été réalisé. Cela concerne à la fois les méthodes de génotypage et les critères d'interprétation de leurs résultats. Le respect de ces recommandations est susceptible d'améliorer la qualité des travaux de recherche clinique et de permettre l'interprétation de résultats d'origine multicentrique.