Les principaux gènes de Plasmodium falciparum connus pour être associés à la résistance à des antipaludiques sont pfcrt, pfmdr 1, pfdhfr, pfdhps, pfcytb, pfmrp, pfnhe-1, pfmdt, pfserca et pftetQ. Les résistances à la chloroquine, l'amodiaquine, la méfloquine, la sulfadoxine-pyriméthamine, le cycloguanil et l'atovaquone ont des marqueurs moléculaires validés qui permettent de prédire leur efficacité parasito-clinique (i.e. tests in vivo). Ces marqueurs moléculaires ont de nombreux avantages. Ils permettent d'évaluer de nombreux échantillons en moins de temps que les tests in vivo; la collecte, le transport et la conservation des échantillons sont beaucoup plus aisés que pour les tests in vitro. Ils peuvent servir à la surveillance épidémiologique des résistances à l'échelle d'un pays et à la prédiction individuelle des succès thérapeutiques. Le développement des méthodes de biologie moléculaire à haut débit, la disponibilité des séquences nucléotidiques de génomes de P. falciparum et la collaboration étroite entre chercheurs fondamentaux, cliniciens et responsables des programmes nationaux de lutte contre le paludisme sont les principaux atouts de la recherche et du développement des marqueurs moléculaires de résistance de P. falciparum aux antipaludiques.