Nous rapportons le premier cas de méningoencéphalite amibienne primitive (MEAP), observé en Guadeloupe, chez un jeune garçon âgé de neuf ans. L'évolution de la maladie a été rapidement fatale en sept jours. La possibilité d'une infection par amibes libres a été suspectée, à la fois sur la négativité de l'ensemble des recherches bactériennes et virales effectuées et sur la présence de cellules d'aspect inhabituel lors de l'observation du liquide céphalorachidien (LCR) après coloration. Bien que la souche amibienne n'ait pas pu être isolée, Nœgleria fowleri a pu être identifiée par PCR avec utilisation d'amorces spécifiques à partir de l'ADN extrait du LCR congelé. Le séquençage de l'ADN amplifié a, en outre, permis de démontrer que la souche de N. fowleri responsable appartient à un génotype commun, présent à la fois sur les continents américain et européen.