But de l’étudeLe génotypage du virus de l’hépatite C est essentiel pour la prise en charge thérapeutique. Les résultats d’un test de génotypage basé sur la PCR en temps réel et la chimie TaqMan ont été comparés à ceux du séquençage de la région NS5B.Matériel et méthodesCent deux échantillons plasmatiques (génotypes 1 à 6) ont été étudiés. L’amplification et la détection des ARN viraux ont été réalisées avec le réactif Abbott RealTime HCV Genotype II ciblant la région 5’non codante (54NC), pour l’identification des génotypes 1 à 6, et NS5B, pour les sous-types 1a et 1b. En cas de discordance, le séquençage de la région 5′NC a été réalisé.RésultatsLe test Abbott a fourni un résultat pour tous les échantillons. La concordance avec le séquençage de la région NS5B était de 93 % (95 sur 102), 96 % (98 sur 102) pour le génotypage et 93 % (40 sur 43) pour le sous-typage. Les discordances de génotype concernaient un sous-type 2f typé 5, un sous-type 6a typé 1, un sous-type 3a identifié comme une co-infection 1-3 et un sous-type 4r identifié comme une co-infection 1-4. Les discordances de sous-type concernaient deux sous-types 1b rendus 1 et un sous-type 1e rendu 1a.ConclusionLe test Abbott RealTime HCV Genotype II permet la détermination rapide et entièrement automatisée du génotype viral. Il peut détecter de possibles co-infections virales pouvant avoir un impact négatif sur la réponse au traitement. Toutefois, les discordances retrouvées sur cette petite série soulignent la nécessité d’une optimisation du test.