Une variante du dDRT-PCR utilisant des amorces mini-exon ancrées pour l'identification de séquences différentiellement exprimées chez leishmania infantum.
Auteurs : Turki-Mannoubi L1, Kbaier-Hachemi H, Barhoumi M, Chakroun AS, Guizani ILeishmania infantum (L.i.) est responsable de leishmaniose viscérale (LV) ou de leishmaniose cutanée (LC). Des études précédentes faites au Honduras n'ont pas montré de différences dans les profils d'expression de differential display reverse transcriptase-polymerase chain reaction (DDRT-PCR) entre les parasites LV et LC de Leishmania infantum. Dans le but de comparer l'expression entre des isolats de L.i. en Tunisie, une variante de cette technique adaptée d'un kit commercial a été développée impliquant des amorces aléatoires et mini-exon ancrées pour isoler et identifier des ADNc différentiellement affichés. Pour évaluer l'efficacité de cette variante, 34 combinaisons ont été appliquées à 2 dilutions consécutives d'ADNc, qui proviennent de cultures de promastigotes en fin de phase exponentielle de croissance de deux isolats Tunisiens, un viscéral (LV50) et un cutané (DREP14). Le choix de ce matériel assure l'observation des differences parmi les ADNc étant donné les travaux précédents chez cette espèce. Les profils d'amplification ont été comparés et analysés relativement au nombre et au phénotype des bandes affichées observées parmi les différents profils d'amplification qui ont été très similaires chez les 2 ADNc; 26 combinaisons ont généré un total de 6.8% de bandes différentiellement affichées ayant des intensités variables ou étant présentes/absentes, dans des proportions comparables dans les 2 isolats. Les analyses ont aussi démontré des différences dans l'efficacité de l'amplification de quelques amorces, soulignant l'impact qualitatif et quantitatif de la proximité relative des sites d'amorçages sur les profils observés. Neuf bandes présentes/absentes ont été clonées, séquencées et analysées in silico. Les misappariements aux sites d'amorçage semblent être à la base de l'amplification de telles bandes. Seulement cinq produits ont pu être référés à des gènes annotés. Parmi les gènes identifiés, nous énumérons l'histone H4, en grande partie connue pour être différentiellement exprimée parmi les stades de L.i, et «NTF2-like» pour lequel une surexpression a été ici confirmée dans un des ADNc. Pour conclure, la variante développée pourrait être utilisée dans des analyses d'expression chez Leishmania, avec toutefois une attention particulière au sujet des faux positifs.