Dans cette revue bibliographique, nous résumons les données acquises sur la structure (diversité, abondance, biomasse) et l'importance fonctionnelle (bactériolyse, lysogénie, transferts de gènes, régulation de la diversité des procaryotes) des virus d'origine naturelle, dans le contexte de la chaîne alimentaire en écologie microbienne aquatique et des cycles biogéochimiques associés. Les virus représentent la plus abondante et, sans doute, la plus diversifiée des entités biologiques présentes dans les écosystèmes aquatiques et dans la biosphère (c.-à-d., la viriosphère). On compte généralement plus de 10⁷ particules virales par millilitre d'eau dans des conditions mésotrophes. La plupart de ces virus est représentée par des phages sans queue et par des phages à queue qui appartiennent principalement à la famille des Siphoviridae. Ces deux types de phages sont de petite taille du point de vue de leur capside et de leur génome, ce qui est considéré comme une adaptation à la vie planctonique. Leur contribution à la mortalité microbienne est significative. Il semble de plus en plus évident que les phages sont des agents exerçant une pression significative sur la structure et la diversité de la communauté et sur la diversification au sein des peuplements hôtes, principalement via deux voies: d'une part, la catalyse biogéochimique liée aux produits de la lyse virale et, d'autre part, les transferts horizontaux de gènes. En retour, les phages sont sensibles aux conditions environnementales, lesquelles conditionnent leur intégrité et leur pouvoir infectieux. Certains phages contiennent des gènes viraux typiques qui codent pour des fonctions biologiques d'intérêt, comme la photosynthèse. En général, l'écologie virale suscite un intérêt croissant dans le cadre des sciences de l'environnement, mais aussi de l'évolution adaptative de la vie cellulaire, support obligatoire de la prolifération virale. Ainsi, la découverte récente d'un viriophage, c'est-à-dire d'un virus infectieux d'un autre virus de plus grande taille, va faire avancer le débat sur la question à savoir si les virus sont des « êtres vivants ». Enfin, les futures orientations de la recherche dans le contexte général de l'écologie aquatique sont identifiées, notamment en ce qui concerne la priorité accordée à l'écologie des cyanophages et autres phages du phytoplancton, principalement dans les lacs dulçaquicoles.