Les rythmes circadiens correspondent aux variations périodiques sur environ 24 heures de nombreux processus biologiques et physiologiques et sont entraînés par l’horloge interne. L’environnement est capable d’influencer les rythmes voire de les synchroniser sur une phase qui diffère de l’horloge interne, mais il existe entre ces rythmes une relation de phase spécifique. La mesure des rythmes circadiens passe par une modélisation mathématique qui permet de définir différents paramètres (amplitude, période, phase, niveau moyen ou mesor). Et pour dégager ces paramètres, il est nécessaire d’appliquer différents protocoles qui supprimeront l’impact des facteurs externes qui sont de nature à modifier la variable mesurée. Les marqueurs des rythmes circadiens sont le cycle veille/sommeil exploré par l’agenda de sommeil et l’enregistrement polysomnographique, le cycle repos/activité exploré par l’actimétrie, le chronotype, la température corporelle, la sécrétion de mélatonine avec en particulier les mesures avant l’endormissement (DMLO), la sécrétion de cortisol et l’activité des gènes horloges. Une meilleure connaissance des paramètres des rythmes circadiens, en particulier la stabilité, est indispensable pour appréhender les mécanismes physiopathologiques qui sous-tendent certaines pathologies psychiatriques.