Les organismes vivants en général, et les plantes cultivées en particulier, sont les réservoirs d'une quantité impressionnante de molécules ayant des propriétés variées et impliquées à tous les niveaux (structure, stockage, activité biologique etc.).Longtemps utilisée dans son intégralité ou après des transformations élémentaires pour l'alimentation, le chauffage ou encore le papier, la matière première végétale entre maintenant dans une nouvelle ère : celle de la bioraffinerie ouraffinerie du végétal. Ce concept, né dans les années 90, se base sur le modèle de la raffinerie pétrolière. L'agriculture génère en effet des tonnes de co-produits qui, pendant longtemps, furent considérés comme des déchets. Mais la valorisation de ces sous-produits est aujourd'hui un enjeu économique et écologique, l'utilisation de matières premières renouvelables en lieu et place d'équivalents fossiles contribue en effet à la préservation de l'environnement par réduction des émissions de CO₂, principal gaz à effet de serre de la planète. 
L'objectif est donc de fractionner la plante ou ses co-produits, puis de purifier et transformer les différents éléments afin d'obtenir soit des biocarburants soit ce qu'on appelle aujourd'hui des "bioproduits" comme les bioplastiques ou les tensioactifs. Dans cette perspective, les champignons filamenteux, capables de coloniser une grande variété de végétaux, produisent de nombreuses enzymes adaptées à la modification de ce type de substrats. L'exemple, peut-être le plusavancé industriellement aujourd'hui, est la fabrication de bioéthanol de seconde génération c'est-à-dire à partir de matériaux organiques renouvelables. Il comprend notamment une étape d'hydrolyse enzymatique de la biomasse nécessitant différentes cellulases produites par des champignons de type Trichoderma. Cette première étape ouvre la voie vers une diversification des ressources énergétiques dans le domaine du transport et contribue à l'essor de la chimie végétale qui a pour but de se substituerpartiellement à la pétrochimie.