Cette étude décrit, d'une part l'évolution de l'épidémiologie de l'hépatite A en Nouvelle-Calédonie depuis 1986 et d'autre part, l'épidémie survenue en 2005-2006, notamment dans ses aspects démographiques et virologiques et les moyens de contrôle mis en oeuvre. Les données d'activité annuelle ou mensuelle de l'Institut Pasteur de Nouvelle-Calédonie ont été analysées de façon rétrospective (9723 recherches des IgM de l'hépatite A pratiquées entre 1986 et 2006). Pour la période 2004-2006, une étude phylogénétique de souches représentatives néocalédoniennes et d'autres îles du Pacifique a été réalisée par le Centre national de référence de l'hépatite A (hôpital Paul-Brousse, Villejuif). L'amélioration constante de l'état sanitaire de la Nouvelle-Calédonie depuis 20 ans a conduit à une réduction du nombre de cas d'hépatite A parmi les consultants de l'institut Pasteur, passant d'une moyenne de 80 cas (14,7 %) entre 1986 et 2000 à 0 cas à partir de 2002. Cependant, en 2005-2006 une augmentation importante du nombre de cas (n = 262) a été constatée concernant, à 78 %, des jeunes de moins de 20 ans. En 2006, cette épidémie a gagné l'île de Futuna où elle a touché 56 habitants (plus de 1 % de la population). L'étude phylogénétique a confirmé le caractère clonal du virus circulant durant cette épidémie, non relié à d'autres souches présentes actuellement dans le Pacifique (Fidji, Vanuatu, Nouvelle-Zélande), ni à une souche néo-calédonienne de la période endémique précédente. Cette situation de transition, où persiste un risque épidémique fort, doit inciter à la mise en place de stratégies de lutte adaptées, basées notamment sur la déclaration obligatoire des cas et l'usage ciblé du vaccin.