La flore intestinale est aujourd'hui considérée comme un organe à part entière, qui joue un rôle clé dans le métabolisme énergétique. La flore peut en effet augmenter la rentabilité énergétique des aliments ingérés qui ont échappé à la digestion dans la partie haute de l'intestin, via leur fermentation. Par ailleurs, le flux des acides gras et leur stockage adipocytaire sont contrôlés - notamment via le facteur FIAF (fasting-induced adipocyte factor), dont l'expression est tributaire de la présence de la flore intestinale. Des modifications de l'écosystème bactérien de l'intestin pourraient être impliquées dans le développement des altérations métaboliques liées au diabète de type 2 et à l'obésité. Des données expérimentales démontrent qu'une alimentation hyperlipidique modifie la composition de la flore intestinale, en diminuant notamment les bifidobactéries, avec pour conséquence une augmentation de l'absorption et des taux plasmatiques de lipopolysaccharide, qui participent à leur tour au déclenchement et au développement de l'inflammation, de l'insulino-résistance et du développement de masse grasse. Rééquilibrer ou modifier la composition de la flore intestinale pourrait constituer une voie thérapeutique ou préventive susceptible de réduire l'impact d'une alimentation déséquilibrée sur le développement du syndrome métabolique.