HER2, et dans une moindre mesure, vu l'état actuel des connaissances, la topo-isomérase IIα, sont des marqueurs d'intérêt dans le cancer du sein. Les techniques d'évaluation de leur statut sont l'immunohistochimie (IHC) et l'hybridation in situ en fluorescence (FISH). La surexpression du récepteur HER2 étant presque toujours associée à l'amplification du gène, la FISH est considérée comme la méthode de référence par rapport à l'IHC pour évaluer le statut HER2 dans le cancer du sein. En effet, elle est moins sensible aux facteurs préanalytiques et plus quantitative que l'IHC. Des recommandations issues de la Société américaine d'oncologie médicale et du Collège des pathologistes américains ont récemment été publiées et préconisent notamment des systèmes de contrôle et d'assurance de qualité impliquant une calibration du test IHC. Par ailleurs, de nouvelles règles définissant l'amplification du gène HER2 devraient également minimiser l'impact de la polysomie 17 sur l'évaluation du statut HER2 et donc la discordance qu'elle engendrait antérieurement suivant les méthodes de scoring FISH utilisées. Enfin, la mise en évidence de différentes formes du récepteur (p185HER2, p95HER2) et leur intérêt clinique sont discutés. Le gène codant pour la topo-isomérase IIα plus récemment étudié dans le cancer du sein est associée au gène HER2 par sa localisation sur le bras long du chromosome 17 (17q12-21), ce qui engendre une co-amplification des deux gènes dans une proportion non négligeable de tumeurs. Les données actuelles indiquent que la topo-isomérase IIα pourrait être un facteur prédictif de la réponse aux anthracyclines. Les tumeurs qui présentent une co-amplification de HER2 et de la topo-isomérase IIα répondraient mieux à ces régimes de chimiothérapie que les tumeurs HER2-positives uniquement. Il a également été observé que la délétion du gène de la topo-isomérase IIα pourrait être prédictive de la réponse aux anthracyclines. Cependant, des données contradictoires entre les études précliniques et cliniques sont observées. D'autres études sont donc encore nécessaires pour comprendre les mécanismes de régulation de l'expression de la topo-isomérase IIα et définir si c'est le statut du gène ou de la protéine, voire des deux, qui est potentiellement le plus prédictif de la réponse aux anthracyclines.