Les troubles visuels d'origine organique doivent être diagnostiqués et traités avant l'installation d'une amblyopie irréversible. Ce dépistage précoce repose sur l'observation de l'enfant par ses parents mais surtout sur la connaissance des différents signes d'appel par le médecin généraliste ou le pédiatre. Ainsi, la malvoyance et les comportements qui s'y rapportent (leucocorie, strabisme, nystagmus, ou parfois exophtalmie) doivent alerter le médecin qui adresse alors l'enfant à l'ophtalmologiste. Ce dernier peut mettre en évidence une malformation du segment antérieur, une cataracte, un glaucome, une inflammation oculaire ou ses séquelles, une altération rétinienne, orbitaire, ou des voies optiques. La prise en charge doit alors permettre une réhabilitation visuelle rapide afin de rééduquer au plus vite l'amblyopie séquellaire. Dans certains cas, il oriente l'enfant et ses parents vers une structure spécialisée afin de développer au maximum des capacités visuelles, parfois inattendues.