L’étude bactériologique des endophtalmies permet de caractériser le spectre bactérien après un acte chirurgical (chirurgie de la cataracte, chirurgie filtrante…), de survenue aiguë, retardée ou d’évolution chronique. Le diagnostic étiologique microbiologique a récemment bénéficié des techniques de biologie moléculaire (PCR) afin d’identifier le génome bactérien et/ou fongique dans des échantillons oculaires. Afin d’optimiser la détection des micro-organismes responsables d’endophtalmies, il est préférable de prélever du vitré initialement et d’appliquer sur ce prélèvement une culture conventionnelle et une technique de biologie moléculaire (PCR pan-bactérienne par exemple), les deux approches étant complémentaires. L’efficacité et la rapidité des nouvelles techniques de diagnostic microbiologique devraient modifier dans l’avenir nos indications thérapeutiques.