Apparu lors d'un croisement naturel entre un mandarinier et un oranger à la fin du XIX^e siècle, la clémentine s'est ensuite diversifiée par sélection clonale de mutants somatiques. Distinguer les différentes variétés clonales étant pratiquement impossible, le développement d'outils moléculaires d'identification variétale s'est donc avéré nécessaire. Nous avons étudié trois cultivars, représentant des groupes de maturité des fruits très distincts. Nous avons recherché des critères d'identification au niveau phénotypique (caractéristiques organoleptiques, morphologie des feuilles) et au niveau de l'ADN (isozymes, RAPD et ISSR). La diversité phénotypique observée est relativement élevée et contraste avec le faible polymorphisme moléculaire. En effet, seul le cultivar «Guerdane» présente des profils d'empreintes génétiques différents de ceux des deux autres cultivars. La fréquence des modifications génétiques serait donc variable d'un cultivar à un autre. Les marqueurs moléculaires spécifiques du cultivar «Guerdane» s'ajoutent aux marqueurs phénotypiques et étendent les possibilités d'identification aux jeunes plants en pépinière.