Les infections virales respiratoires basses de l'enfant peuvent être suivies de complications à long terme. La plus étudiée de ces complications est le caractère favorisant de l'infection virale sur le développement d'un asthme ultérieur. Une meilleure compréhension des interactions entre les facteurs génétiques de l'hôte et les facteurs spécifiques du virus est nécessaire afin de déterminer si l'infection virale respiratoire basse sévère est réellement capable d'induire de l'asthme ou si c'est la prédisposition à l'asthme qui induit un risque plus important d'infection sévère, en cas d'infection virale. Une autre complication, plus rare mais très sévère, est la bronchiolite oblitérante. L'adénovirus est le virus le plus souvent responsable de cette complication, responsable de syndromes obstructifs persistants et sévères. Aucune thérapeutique ne permet de prévenir efficacement cette évolution défavorable au cours des infections virales sévères.