L'infection est l'une des conséquences les plus fréquentes et les plus redoutables des états d'immunodépression, dont les causes sont multiples. Différents types d'infections sont observés selon le type de déficit immunitaire. Les déficits humoraux sont dominés par les infections pulmonaires et sinusiennes à bactéries encapsulées : Streptococcus pneumonæ et Haemophilus influenzae. Les mêmes bactéries sont impliquées dans les situations d'asplénie, mais sans tropisme d'organe et avec un risque de sepsis grave. Un déficit dans la voie du complément est évoqué en cas d'infection à méningocoque. Les neutropénies et autres déficits de la phagocytose sont associés à un risque infectieux bactérien et fungique avec la possibilité de choc septique chez les patients neutropéniques. Les déficits de l'immunité cellulaire sont responsables d'infections virales sévères (Herpes viridae), fongiques et parasitaires (Pneumocystis jiroveci, Toxoplasma gondii) et à bactéries intracellulaires (mycobactéries). Les déficits immunitaires sont en fait rarement « purs », ce qui explique la grande complexité des situations cliniques et microbiologiques rencontrées en pratique clinique.