L'objet de cette revue a été d'analyser, dans un premier temps, les critères microbiologiques et pharmacologiques de choix du traitement de la borréliose de Lyme. La détermination de la sensibilité deBorrelia burgdorferi sensu latoin vitro rencontre de nombreuses difficultés, notamment l'absence de standardisation des méthodes utilisées. Les données in vitro apportent un élément d'orientation, mais des discordances entre les résultats in vitro et in vivo montrent la nécessité de toujours confirmer ces données par des essais cliniques. Dans une deuxième partie, une analyse de la littérature a été réalisée afin d'évaluer les modalités de traitement et de suivi de la phase primaire de la borréliose de Lyme caractérisée par l'érythème migrant (EM). Les molécules les plus utilisées au cours des essais thérapeutiques pour le traitement des EM sont les β-lactamines (pénicillines G et V, amoxicilline, céfuroxime axétil, ceftriaxone), les cyclines (doxycycline) et les macrolides (essentiellement l'azithromycine). L'absence de critère clinique ou biologique fiable de guérison rend la comparaison entre ces traitements difficiles. Néanmoins, le pronostic des EM après traitement est bon dans la majorité des études. Si le suivi clinique est nécessaire après le traitement d'un EM, la persistance parfois prolongée d'anticorps après une borréliose de Lyme guérie, limite l'intérêt du suivi sérologique.