Le microbiote intestinal est un écosystème extrêmement complexe, comportant environ 10↑14 micro-organismes recouvrant près de 400 espèces bactériennes. C'est un élément actif de la physiologie intestinale, avec des fonctions métaboliques, de flore de barrière et de stimulation du système immunitaire intestinal. La plupart des études de ce microbiote sont basées sur des techniques de culture, mais des techniques de biologie moléculaire permettent de compléter ces données. La formation de cet écosystème débute très rapidement après la naissance. Le nouveau-né, stérile à la naissance, se colonise avec une flore résultant du contact avec sa mère et son environnement. Si les facteurs d'implantation de la flore sont peu connus, de nombreux facteurs vont influencer l'établissement de ce microbiote : mode d'accouchement, environnement, mode d'alimentation, âge gestationnel et antibiothérapie. Des données récentes font état de modifications dans l'établissement de cette flore, avec un retard d'implantation des bactéries entériques d'origine maternelle, dues entre autres aux conditions d'hygiène strictes entourant les accouchements. Les conséquences cliniques de ces modifications sont mal connues mais pourraient être responsables d'une absence de flore de barrière ou d'une mauvaise stimulation du système immunitaire intestinal. La question de l'intérêt de la modulation de la flore du nouveau-né par l'ajout dans les formules infantiles de probiotiques, prébiotiques, bactéries non viables et leurs métabolites, ou nucléotides est posée et discutée.