Entre mai et juin 2001, l'efficacité de la chloroquine a été évaluée dans 5 sites, dans les trois îles de l'Union des Comores. Parmi les 183 enfants âgés de 6 à 59 mois suivis sur 14 jours, le taux d'échecs cliniques variait entre 31,2 et 73, 1 % et le taux d'échecs totaux (cliniques et parasitologiques) entre 50 et 88,5 %. Les échecs étaient en majorité des échecs précoces. Le ministère de la santé, au cours d'une réunion de consensus, a décidé de changer le traitement de première intention et d'obtenir des données de base sur l'efficacité et la tolérance de la combinaison artéméther-luméfantrine. Entre juin et septembre 2004, parmi les 164 enfants âgés de 6 à 59 mois inclus, le taux de succès thérapeutique de la combinaison a été de 99,4 % sur l'ensemble des 3 sites avec un suivi de J₂₈. Aucun effet indésirable sévère n'a été rapporté.