La technique d'irradiation conformationnelle des cancers de la prostate nécessite un choix difficile de marges autour de la prostate. La prostate présente en effet un déplacement intrapelvien variable d'une séance à l'autre et par rapport à la tomodensitométrie de planification. Cette même prostate n'est par ailleurs pas visualisée par une imagerie portale sous l'appareil de traitement. Il existe donc clairement un risque de « sous-dosage » prostatique et donc de diminution du taux de contrôle local pour ce cancer où il existe une relation dose–effet. Différents moyens de localisation et de repositionnement prostatique sous l'appareil de traitement ont été développés pour quantifier les déplacements et diminuer les marges : ballonnet intrarectal, marqueurs radio-opaques intraprostatiques, système échographique stéréotaxique, scanographe sur rails combiné à l'accélérateur, tomographie à faisceau conique avec des rayons X (Cone-Beam CT), système de détection électromagnétique, tomothérapie, Cyberknife et Exactrac X-Ray 6D. Le recul d'utilisation de ces systèmes est encore faible pour affirmer avec certitude un bénéfice clinique. Une irradiation très conformationnelle (avec modulation d'intensité) dans une cible parfaitement localisée sous l'appareil de traitement devrait cependant permettre clairement, par augmentation de dose, une amélioration du taux de contrôle local au prix d'une toxicité modérée.