Cette synthèse a pour but de faire le point des connaissances concernant le virus du syndrome respiratoire aigu sévère (Sras) et le virus A/H5N1 hautement pathogène. En cas de suspicion d'infection par SARS-CoV, les recherches virologiques sont réalisées à partir d'une aspiration rhinopharyngée, d'une expectoration, d'un écouvillonnage de gorge ou d'un liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) mais aussi des selles, des urines voire du sérum d'un patient venant d'une région où le virus du Sras aurait réémergé (ou travaillant dans un laboratoire étudiant le virus du Sras). L'isolement du virus sur culture cellulaire ou l'extraction de l'ARN viral en vue d'une RT-PCR doivent être réalisés dans un laboratoire de niveau de confinement BSL3 (Biosafety level 3). Une RT-PCR spécifique du virus du Sras permet le diagnostic virologique. En raison de la moindre sensibilité de la RT-PCR spécifique du Sras, l'analyse des échantillons cliniques doit être répétée pendant plusieurs jours. La prise en charge d'échantillons biologiques pour une suspicion d'infection par le virus A/H5N1 hautement pathogène (tableau clinique de grippe chez une personne revenant d'une région où circule le virus A/H5N1), respecte la même procédure. En effet, le diagnostic virologique repose sur la mise en évidence du virus ou de son ARN génomique. Les échantillons biologiques permettant le diagnostic sont des prélèvements respiratoires, des selles, du sérum ou du liquide céphalorachidien (LCR). L'isolement du virus sur culture cellulaire doit être réalisé dans un laboratoire de niveau de confinement BSL3. Pour la recherche de l'ARN génomique, l'extraction de l'ARN doit, elle aussi, être réalisée dans un laboratoire de niveau de confinement BSL3. Une RT-PCR en temps réel ciblant un fragment du gène de l'hémagglutinine H5 permet un diagnostic spécifique de la grippe A/H5N1. Ces procédures sont actuellement en place dans les laboratoires de virologie afin de diagnostiquer les éventuels premiers cas de grippe à virus A/H5N1 ou la réémergence du virus du Sras.