Il apparaît désormais nettement que le nombre de modes de repliements tridimensionnels des chaînes peptidiques des protéines globulaires est bien plus restreint que ne le laisserait supposer leur très grande variabilité séquencique. Des familles et des superfamilles structurales se constituent ainsi, avec très souvent des membres présentant très peu ou pas d'identités de séquences (au sens statistique) avec les membres canoniques de ces familles. De plus, il est patent que de nombreuses protéines sont constituées, ainsi que des puzzles, par la juxtaposition de domaines ou de sous-domaines.