Les céphalées sont le symptôme le plus fréquent au cours des thromboses veineuses cérébrales. Elles n'ont pas de caractéristiques particulières et peuvent mimer de nombreuses autres variétés de céphalées. Le plus souvent associées à d'autres symptômes neurologiques, tels qu'une hypertension intracrânienne, des crises, un déficit focal ou des troubles de la conscience, elles peuvent être parfois isolées, soulignant la nécessité d'explorer toute céphalée récente inhabituelle.