Lors des poussées de MICI, l'objectif est de contrôler rapidement les symptômes. Dans la rectocolite hémorragique (RCH), on utilise les dérivés aminosalicylés par voie orale ou rectale et dans les poussées plus sévères, les corticoïdes et parfois la ciclosporine. Dans la maladie de Crohn, la corticothérapie reste le traitement de base, en privilégiant le budésonide, mieux toléré; en cas d'échec on utilise l'infliximab ou la nutrition artificielle. Lorsque la rémission clinique est obtenue, un traitement d'entretien, visant à éviter de nouvelles poussées, est instauré dans la plupart des cas. Les 5-ASA doivent être privilégiés dans la RCH ; en cas d'échec on recourt à l'azathioprine. Dans la maladie de Crohn, on utilise plus souvent l'azathioprine ou le méthotrexate ; en cas d'échec, un traitement d'entretien par infliximab peut être proposé. La chirurgie est surtout réservée aux formes compliquées ou résistantes aux traitements médicaux.