Un bon usage du carnet de santé exige le respect de la confidentialité sans pour autant compromettre son informativité. Le maintien de la confidentialité doit faire l'objet de mesures spécifiques dans des cas très particuliers comme l'infection par le VIH. Les praticiens doivent être conscients que le carnet de santé de l'enfant reste un outil de lien entre les différents professionnels de santé, notamment pour un suivi optimal de la croissance et du développement psychomoteur de l'enfant. Un enseignement spécifique en concernant le bon usage est souhaitable dans le cursus des études de médecine.