L'étude de la diversité de Plasmodium falciparum passe par l'analyse des marqueurs de polymorphisme comme les gènes msp-1 et msp-2. Ces gènes, présents en copie unique dans le génome de Plasmodium, sont composés de différents blocs. Le bloc 2 de msp-1, composé de motifs répétés de façon variable, est le plus polymorphe. Nous avons mis au point une technique permettant d'étudier le polymorphisme de taille de ce bloc par analyse de la taille des fragments générés par amplification du bloc 2 avec une amorce fluorescente. Elle a été appliquée à l'analyse de mélanges de deux souches clonées: HB3-Honduras et FCM29-Cameroun et à l'étude des isolats de 19 patients en suivi post thérapeutique rapproché. Le nombre, la proportion de clones présents, ainsi que leur variation au cours du temps ont été comparés aux variations du phénotype de résistance à la chloroquine. Les résultats ont montré une sensibilité supérieure de la méthode d'analyse de fragments msp-1 par rapport aux méthodes classiques (PCR, PCR-RFLP). Cette méthode est un bon outil permettant d'analyser précisément le polymorphisme de Plasmodium falciparum dans différents isolats.