Quand les antagonistes ont été mis sur le marché, toutes les équipes ont été surprises d'observer des taux de grossesse plus bas que sous agonistes. Il ne semble pas y avoir d'argument pour un effet délétère des antagonistes de la GnRH sur la qualité ovocytaire et embryonnaire. Le développement de l'endomètre est anormal lors des cycles de FIV sous antagonistes, mais il l'est également quel que soit le protocole utilisant des gonadotrophines. L'avancement de maturation de l'endomètre est négativement corrélé aux chances de grossesse. L'histologie endométriale le jour de la ponction dépend des taux de LH en début de cycle et à la durée de la stimulation par la FSH recombinante. L'existence d'une progestéronémie élevée à J2 du cycle est associée à une diminution des taux de grossesse. Plus les taux de LH sont élevés à J8, plus les chances de grossesse sont diminuées. Des taux bas d'estradiolémie le jour de l'hCG ne sont pas associés à des taux de grossesse diminués. La stimulation ovarienne en FIV altère le fonctionnement des récepteurs aux stéroïdes lors de la phase folliculaire. La prolongation de la phase folliculaire est associée à une diminution des chances de grossesse. Cette prolongation de la phase folliculaire aboutit en particulier à des perturbations endométriales (phase sécrétoire prématurée).