Associés à une stimulation ovarienne importante dans le cadre de la FIV, les antagonistes ont une action délétère sur la phase lutéale avec une diminution de la durée de cette phase et une décroissance rapide de la progestéronémie. Ainsi, en FIV, une supplémentation est nécessaire pour ces cycles sous antagonistes, contrairement à ce qu'on pensait initialement. La nécessité de soutien de la phase lutéale pourrait dépendre de l'intensité de la stimulation, comme le montre une étude en stimulation simple pour IIU où les taux de succès semblent satisfaisants. Sous antagonistes de la GnRH, on peut déclencher la maturation folliculaire et ovocytaire finale grâce à une injection d'agonistes. Ce type de déclenchement permettrait de diminuer le risque de syndrome d'hyperstimulation chez les femmes à risque. Dans ce type de protocole, un support de la phase lutéale est indispensable, quel que soit le type de déclenchement choisi (hCG, LHrec, agoniste GnRH). Ce support doit comporter de la progestérone et peut-être aussi des estrogènes.