Vers une utilisation des bio-puces à ADN pour l'étude d'isolats plasmodiaux de terrain.
Auteurs : Refour P1, Gissot M, Siau A, Mazier D, Vaquero CL'infection à Plasmodium falciparum est l'une des premières causes de mortalité dans les zones d'endémie plasmodiale. Face à l'augmentation des résistances du parasite aux thérapies, l'utilisation d'outils permettant l'analyse à grande échelle de la biologie de P.falciparum devient de plus en plus urgente. L'exploration du génome et du profil d'expression de l'ensemble des gènes de P. falciparum est désormais possible grâce à la technique des bio-puces. Cette technologie reste cependant limitée à l'étude d'échantillons dont les quantités d'ARN totaux sont de l'ordre de 8 à 50 pg. En effet, afin d'assurer la robustesse statistique de ce type d'expériences, au moins une réplique technique et une réplique biologique sont nécessaires. Cette contrainte technique exclut de fait des échantillons provenant de souches de terrain. De nombreuses méthodes ont été développées afin d'adapter ces techniques aux faibles quantités d'ARN total. L'utilisation de techniques d'amplification et des marqueurs différents des fluorochromes couramment utilisés, ayant pour vocation d'augmenter la sensibilité de détection, permet de diminuer la quantité de matériel nécessaire à chaque expérience. Cependant, les techniques d'amplification semblent introduire un biais dans les résultats générés. De même, l'emploi de nouveaux marqueurs très performants est encore limité du fait de contingences techniques. A l'heure actuelle, le marquage radioactif semble le mieux répondre aux exigences de l'utilisation de faibles quantités d'ARN totaux. Utilisable en hybridation compétitive, ce type d'approche combine tous les critères de criblage des bio-puces et a fait la preuve de son efficacité sur des bio-puces thématiques de P. falciparum développées dans notre laboratoire.