Les ulcérations cutanées causées par Mycobacterium ulcerans constituent un problème de santé publique en Côte d'Ivoire. Le diagnostic de cette infection se heurte à la difficulté de la culture et à la lenteur de croissance de la bactérie. Notre étude avait pour objectif d'évaluer la détection de M. ulcerans dans deux types de prélèvements, des exsudats d'ulcération et des biopsies cutanées, provenant de malades ayant une ulcération chronique et suspectés d'avoir un ulcère de Buruli. Cent quatre-vingt-cinq écouvillonnages cutanés ont été examinés en microscopie après coloration de Ziehl-Neelsen pour la recherche de bacilles acido-alcoolo résistants (BAAR) et par amplification génique type PCR, utilisant les séquences d'insertion IS2404 et IS2606. Vingt-six biopsies cutanées ont également fait l'objet d'une recherche de M. ulcerans par PCR utilisant les mêmes séquences d'insertion. Nous avons obtenu un taux de positivité de 14,6 % et de 15,7 % respectivement à l'examen microscopique et par PCR dans les exsudats d'ulcérations cutanées. Un taux de positivité plus élevé de 84, 6 % a été obtenu uniquement par PCR avec les biopsies cutanées. Nos résultats de PCR suggèrent que cette technique peut être utilisée pour la confirmation du diagnostic spécifique en routine de M. ulcerans et le dépistage précoce de l'ulcère de Buruli en Côte d'Ivoire.