Dans la pratique courante de l'immuno-phénotypage, le cytomètre en flux est utilisé majoritairement comme compteur de cellules. Cet appareillage, qui mesure la fluorescence de chaque cellule individuellement et avec une extrême sensibilité, peut aussi compter les molécules sur les cellules. « Mettre la -métrie dans la cytofluorométrie », c'est mesurer le niveau d'expression des molécules d'intérêt biologique sur (dans) les cellules d'intérêt. Les cibles sont multiples avec la myriade de récepteurs membranaires dont la fonction biologique peut dépendre, plus ou moins directement, du nombre de molécules accessibles. Toute modulation du niveau d'expression, associée à la différenciation physiologique, à un état pathologique ou à une intervention thérapeutique porte son poids d'informations pour le biologiste. Pour tirer parti de telles mesures en biologie clinique, il faut impérativement accéder à une fiabilité en terme de reproductibilité dans le temps, entre instruments et entre laboratoires et bannir les « unités arbitraires » couramment fournies par les machines. Cet exposé fait le point sur les paramètres importants permettant d'accéder à une quantification fiable des antigènes cellulaires, avec expression des résultats en nombres de molécules par cellule. Outre les outils de marquage indispensables (réactifs anticorps), et les logiciels de traitement des données, les outils de calibration sont au centre du concept. Tous ne sont pas équivalents et les billes fluorescentes dans la masse, très utiles au contrôle des réglages de l'instrument, ne peuvent remplacer les systèmes de calibration immunologiques qui mesurent le nombre de molécules d'anticorps capables de se fixer aux cellules. De nombreux exemples pratiques d'application illustreront la portée de cette dimension « mesure » disponible dans l'immuno-cyto-métrie, et dont la généralisation permettrait d'ouvrir largement l'accès à la biologie clinique.