La génétique évolutive du développement révèle une grande plasticité des mécanismes développementaux. L'exemple de bicoid, le premier morphogène connu, illustre comment un gène essentiel peut changer de fonction au cours de l'évolution. La recherche d'homologues de bicoid a montré que ce gène était spécifique des mouches et absent chez les autres insectes. En fait, il s'avère que bicoid est un gène homéotique Hox3 très dérivé (c'est-à-dire très éloigné de son gène ancestral). Au cours de l'évolution des insectes, le gène Hox3 ancestral a perdu sa fonction homéotique pour acquérir un nouveau rôle maternel et dans les annexes embryonnaires. Dans la lignée menant aux mouches, une duplication de ce nouveau gène a ensuite eu lieu, suivie d'une divergence aboutissant à la création des gènes bicoid et zerknüllt. L'analyse de l'évolution de bicoid, comme celle de nombreux autres gènes du développement, montre la nécessité d'élargir le choix des espèces modèles pour éviter les généralisations hâtives faites à partir d'un modèle particulier.