Les lésions de leucoplasie orale chevelue surviennent le plus souvent chez des sujets infectés par le virus de l'immunodéficience humaine, et semblent induites par le virus d'Epstein-Barr qui est parfois associé à des papillomavirus humains de divers sous-types. Ces virus peuvent être détectés par des techniques de biologie moléculaire en particulier l'hybridation in situ. Dans les deux cas rapportés, le génome de l'EBV a été détecté à l'aide de sondes ADN de type BamHI W marquées à la biotine. Le virus apparaît en cycle lytique comme en témoigne la positivité obtenue avec les oligonucléotides BHLF1 marqués à l'isothiocyanate de fluorescéine.