But de l’étude.–Évaluer la prévalence et les caractéristiques des souches atypiques de bacilles à Gram négatif non fermentants isolées au cours de la mucoviscidose, en déterminant l’impact clinique et épidémiologique de leur identification.Matériel et méthodes.–Le séquençage partiel du gène codant pour l’ARN ribosomal 16S (ADNr 16S) a été utilisé pour l’identification prospective des souches atypiques isolées chez les patients suivis à l’hôpital Necker–Enfants Malades.Résultats.–Au cours de l’année 1999, 1093 isolats de bacilles à Gram négatif non fermentants ont été retrouvés dans 702 expectorations provenant de 148 patients. Parmi ces isolats, 46 (27 patients) n’ont pas été identifiés de manière satisfaisante par les méthodes phénotypiques. L’analyse génotypique a permis d’identifierPseudomonas aeruginosa(19 isolats, 12 patients),Achromobacter xylosoxidans(10 isolats, 8 patients),Stenotrophomonas maltophilia(9 isolats, 9 patients),Burkholderia cepaciagenomovar I/III (3 isolats, 3 patients),Burkholderia vietnamiensis(1 isolat),Burkholderia gladioli(1 isolat) etRalstonia mannitolilytica(3 isolats, 2 patients). Quinze isolats (33 %) étaient résistants à tous les antibiotiques testés en routine. Seize isolats (37 %) résistants à la colistine ont été retrouvés sur le milieu sélectifcepacia : 2P. aeruginosa, 3A. xylosoxidans, 3S. maltophiliaet les 8 espèces deBurkholderia-Ralstonia. La galerie API 20NE n’a donné aucune identification pour 35 isolats et une identification erronée pour 11 isolats, dont 2P. aeruginosa, 2A. xylosoxidanset 1S. maltophiliaidentifiés à tortB. cepacia. Les mesures d’isolement et/ou le traitement antibiotique ont été nettement améliorés après le résultat de l’identification par séquençage dans 3 cas.Conclusion.–Cette étude confirme l’insuffisance des méthodes phénotypiques pour l’identification précise des bacilles à Gram négatif non fermentants retrouvés au cours de la mucoviscidose. L’utilisation en routine d’une méthode génotypique d’identification telle que le séquençage de l’ADNr 16S peut améliorer la connaissance de l’épidémiologie de certaines espèces bactériennes et identifier éventuellement l’émergence de nouvelles espèces au cours de la mucoviscidose.