L'étude des biofilms adhérant aux surfaces les plus diverses montre de nombreuses couches de cellules dont une très faible proportion est capable de se multiplier sans délai. Les autres, majoritaires, sont-elles mortes? Ces cellules sont au repos et il existe un gradient de métabolisme dans l'épaisseur du biofilm. Pour évaluer le risque de reprise de vie active, les biofilms ont été étudiés ici avec des fluorochromes, marqueurs de vitalité: un dérivé du diacétate de fluorescéine, CDF, révélateur d'une activité estérasique, confère une fluorescence verte au cytoplasme; l'iodure de propidium, IP, révélateur de lésions membranaires: s'il pénètre dans la cellule, les acides nucléiques manifesteront une fluorescence rouge. La microscopie confocale permet de localiser les cellules rouges ou vertes dans l'épaisseur du biofilm, mais seule la cytométrie en flux (CMF) est capable d'une analyse semi-quantitative des cellules marquées. Cette étude met l'accent sur les conditions de validité des résultats de CMF. Après avoir éliminé l'autofluorescence des bactéries et de leur glycocalyx et choisi les concentrations de marqueurs dépourvues de toxicité, la CMF dévoile une abondante proportion de cellules doublement marquées, c'est-à-dire porteuses de lésions membranaires et capables de synthèse d'estérase. Ces cellules doublement marquées sont-elles dangereuses pour la santé publique? Le plus souvent, elles peuvent réparer leurs lésions et récupérer leur vitalité dès qu'elles se détachent du biofilm. Elles retrouvent alors capacités métaboliques et virulence, mais aussi leur sensibilité aux antibactériens. La CMF a permis de caractériser quatre niveaux de vitalité chez les streptocoques oraux en biofilm.