Certains polymorphismes de séquence du génome (SNP) peuvent affecter significativement le phénotype chez l'homme. La détection de patients porteurs de variants alléliques est devenue un des objectifs des études de pharmacologie clinique afin d'évaluer les relations phénotypes-génotypes. Cependant il est absolument nécessaire de disposer d'une méthode rapide et robuste de génotypage. Le but de notre étude était de valider une nouvelle méthode rapide de génotypage du cytochrome P450 2C9 (CYP2C9) et du gène MDRI (multidrug resistance). Les génotypes CYP2C9 et MDRI ont été déterminés par les méthodes de références puis comparés à la technique de discrimination allélique utilisant des sondes fluorescentes Taq Man®. Seize sujets porteurs des différents variants alléliques CYP2C9*2 et CYP2C9*3 (hétérozygotes et homozygotes) précédemment séquencés et 55 sujets génotypés pour le SNP situé sur l'exon 26 du gène MDRI (C3435T), génotypés par la technique de référence PCR-RFLP, ont tous été génotypés par PCR fluorescente. Les résultats montrent que la PCR fluorescente concorde à 100 % avec les résultats obtenus grâce aux techniques de référence. Le génotypage pour chaque SNP a été répété trois fois consécutives et les résultats des génotypes sont apparus constants pour les trois SNP. La discrimination allélique basée sur une PCR fluorescente a donné une entière satisfaction pour le génotypage du CYP2C9 et MDRI. Cette technique est rapide, robuste et facilement utilisable en routine au laboratoire de pharmacologie, elle peut être aussi appliquée facilement à la détection d'autres SNP.