Des progrès significatifs ont été réalisés dans la compréhension de trois affections responsables de syndromes parkinsoniens: la maladie de Parkinson, la paralysie supranucléaire progressive et l'atrophie multiple systématisée. Le corps de Lewy apparaît principalement constitué d'alpha-synucléine, une protéine présynaptique; sa richesse en ubiquitine laisse penser qu'une anomalie de la dégradation des protéines intervient dans sa formation. La parkine, une protéine mutée dans des cas de maladie de Parkinson familiale, est d'ailleurs une ubiquitine ligase. L'immunohistochimie de l'alpha-synucléine a montré que la protéine s'accumulait souvent dans les prolongements, une lésion appelée « prolongement de Lewy ». Elle a, de plus, permis de confirmer ou de révéler l'importance des lésions extra-nigrales: les corps et les prélèvements de Lewy sont abondants dans le noyau basal de Meynert, l'amygdale temporale, le secteur CA2-CA3 de l'hippocampe. Les corps de Lewy corticaux n'apparaissent plus comme le marqueur de la démence à corps de Lewy. Ils sont en effet constatés dans d'authentiques maladies de Parkinson. Dans la paralysie supra-nucléaire progressive, c'est une isoforme à 4 répétitions de la protéine tau qui s'accumule dans les neurones sous forme de dégénérescences neurofibrillaires. Ces dernières apparaissent principalement constituées de filaments droits à l'examen en microscopie électronique. L'accumulation gliale de la protéine est responsable d'une lésion très caractéristique de la maladie - la touffe astrocytaire. Lorsqu'elle intéresse l'oligodendrocyte, l'accumulation se produit dans le cytoplasme (où elle constitue le corps bobiné) et dans les gaines de myéline (où elle est à l'origine des « fibres tortueuses », visibles après immunohistochimie de la protéine tau). L'atrophie striato-nigrique, l'atrophie olivo-ponto-cérébelleuse sporadique et l'hypotension orthostatique primitive sont des formes cliniques, ou clinico-pathologiques, d'une même affection qui a été appelée l'atrophie systématisée multiple. Celle-ci est caractérisée par la présence d'accumulation gliale d'alpha-synucléine - une constatation qui a conduit à regrouper sous le terme de synucléinopathie la maladie de Parkinson et les atrophies systématisées multiples.