L'apoptose ou mort cellulaire programmée est un phénomène actif jouant un rôle pivot dans l'ensemble des phénomènes de régulation, différenciation ou cicatrisation tissulaires. Surtout étudiés au niveau rétinien les phénomènes d'apoptose sont également extrêmement importants au niveau du segment antérieur et notamment de la surface oculaire. Une apoptose kératocytaire apparaît précocement après chirurgie cornéenne par laser Excimer. Toutes les agressions épithéliales activent une série de mécanismes propageant la mort cellulaire jusqu'aux kératocytes profonds. Le rôle de l'épithélium dans la mort cellulaire des kératocytes explique probablement la supériorité du LASIK sur la PKR en terme de réhabilitation fonctionnelle. La conjonctive est également l'objet de complexes réactions, reliant par des mécanismes intimes, inflammation et apoptose. Des cytokines pro-inflammatoires peuvent en effet amplifier les réactions immunitaires et stimuler des réactions apoptotiques épithéliales dont le but final est probablement le remodelage du tissu conjonctival lésé. Les toxiques jouent également un rôle extrêmement important et une apoptose d'origine iatrogène doit être combattue, notamment en supprimant les conservateurs des collyres, grands pourvoyeurs d'inflammation et d'apoptose.