Helicobacter pylori (H. pylori) et les traitements par anti-inflammatoires non stéroidiens (AINS) ou aspirine restent aujourd'hui les deux grandes causes des ulcères duodénaux (UD) et gastriques (UG). Néanmoins, dans certains pays ou régions dans lesquels la prévalence de l'infection a baissé de façon importante, et probablement également dans lesquels la consommation d'AINS/aspirine est importante, la proportion d'ulcères non associés à H. pylori est élevée. La proportion d'ulcères liés ni à H. pylori ni aux AINS reste néanmoins faible, inférieure à 6 % dans la majorité des études. Ce chiffre est par ailleurs peut-être surestimé, car la recherche d'H. pylori et surtout celle de la prise d'aspirine ou d'AINS n'ont pas toujours été faites de façon optimale. Il n'y a pas eu suffisamment d'études permettant d'évaluer les caractéristiques des UG considérés idiopathiques (après élimination d'un cancer). Dans deux études, les UD non liés à H. pylori ou aux AINS étaient associés dans deux tiers à trois quarts des cas à des maladies générales souvent sévères (cirrhose, insuffisance respiratoire, rénale, cardiaque, cancer). De nombreuses maladies digestives peuvent donner un ulcère duodénal, la maladie de Crohn est probablement la plus fréquente. Une hypersécrétion gastrique acide, comme chez les UD infectés par H. pylori, semble être le facteur pathogénique de l'UD idiopathique avec, en plus, une augmentation de la charge acide duodénale. Le devenir des ulcères idiopathiques a été peu étudié. Il n'y a pas d'informations fiables concernant le risque de complications. Une éventuelle augmentation du risque de résistance aux antisécrétoires n'est pas démontrée et le traitement repose sur les inhibiteurs de la pompe à protons à la dose permettant la cicatrisation.