Le réservoir exclusif de Helicobacter pylori est l'estomac de l'homme. Plusieurs animaux qui avaient été considérés comme des réservoirs potentiels (porc, chat, mouton, singe) sont maintenant disculpés. Les mouches et les cafards pourraient être impliqués si la bactérie était éliminée en quantité importante et sous Forme viable dans les selles. Les sources de contamination potentielles sont les vomissures, la salive et les selles. Chez les sujets infectés, H. pylori est toujours présent au niveau des vomissures et va survivre quelques heures dans l'environnement. La salive est parfois positive, du fait de régurgitations, mais les selles ne renferment des formes viables qu'en cas de transit accéléré et de manière inconstante. La transmission survient essentiellement dans l'enfance et est le plus souvent intrafamiliale. Dans les pays en développement, la voie fécale-orale est plausible en plus de la voie orale-orale. En effet, les diarrhées sont fréquentes, l'hygiène fécale mal réalisée et l'eau souvent non traitée. De plus l'hygiène lors des vomissements peut ne pas être adéquate, du fait des conditions sanitaires déficientes des foyers et certaines coutumes, telles que la prémastication des aliments sont fréquentes. Dans les pays développés par contre, les facteurs de la transmission fécale-orale semblent avoir disparus, ce qui est en accord avec une transmission devenue rare et sans doute essentiellement orale-orale.