La néphrotoxicité est l'effet secondaire qui limite l'emploi de l'amphotéricine B. Ceci en fait un médicament à marge thérapeutique étroite. Les facteurs de risque de cette néphropathie sont une dose journalière élevée, l'utilisation concomitante de diurétiques, une fonction rénale anormale avant traitement, la déshydratation et l'association à d'autres traitements néphrotoxiques. L'amphotéricine B peut être responsable d'une insuffisance rénale, une acidose tubulaire, une diminution des capacités de concentration des urines (polyurie), une acidose, une hypokaliémie et d'une hypomagnésémie. La prévention de la toxicité rénale de l'amphotéricine B repose essentiellement sur la reconnaissance et la suppression des facteurs de risque; une hydratation systématique des patients à l'aide de soluté salé isotonique et l'utilisation de nouvelles formulations de l'amphotéricine B potentiellement moins toxiques. Trois formulations nouvelles de l'amphotéricine B ont été commercialisées sous les noms de AmBisome®, Abelcet® et Amphotec® (ABCD, non commercialisé en France). Trois études contrôlées ont montré une nette diminution de la toxicité rénale de l'amphotéricine B lorsque celle-ci était administrée sous forme d'AmBisome®. Il n'existe pas d'étude contrôlée qui permette de démontrer que Abelcet® diminue la toxicité rénale de l'amphotéricine B conventionnelle. De plus, dans une étude récente, il a été montré que l'incidence de l'insuffisance rénale et de l'hypokaliémie était inférieure sous AmBisome® comparée à Abelcet® pour des posologies équivalentes.