Neuf sous-types principaux de la molécule HLA-B27 sont actuellement connus et différent dans leur répartition géographique ainsi que dans leur association aux spondylarthropathies (SA). Les sous-types B*2705, B*2702 dans les populations caucasoïdes, B*2704 et B*2707 en Asie sont associés au développement de la maladie alors que les sous-types B*2706 (Asie) et B*2709 (Sardaigne) semblent moins fortement associés. Les données épidémiologiques concernant les sous-types B*2701 et B*2708 sont insuffisantes. L'association entre HLA-B27 et SA en Afrique semble plus faible que dans d'autres régions du globe et serait modulée par d'autres facteurs génétiques ou d'environnement, qu'il s'agisse de B*2705 ou de B*2703. Ces différences d'association pourraient être liées à des différences dans la présentation des peptides antigéniques. Les molécules HLA de classe I lient des peptides antigéniques ayant une contrainte de taille (8 à 10 aa) et de séquence, un motif de fixation avec 2 résidus d'ancrage en position 2 (arginine pour HLA-B27) et en position C-terminale du peptide étant retrouvé. Nous avons comparé les motifs peptidiques des sous-types B*2701 à B*2709. Un résidu d'ancrage tyrosine en position C-terminale du peptide est associé à un résidu aspartique en position 116 de la molécule HLA. Les allèles associés au développement des SA possèdent soit ce résidu (B*2705, B*2702, B*2704), soit préférentiellement une leucine (B*2707). Il est donc difficile d'envisager la prédiction d'un peptide arthritogénique sur la base du seul motif peptidique. Néanmoins, même si les motifs de fixation peptidique sont identiques, il peut exister des différences à l'échelon individuel entre les peptides présentés par ces différents variants comme nous l'avons montré pour les allèles B*2705 et B*2703. En particulier, un peptide majoritaire présenté par B*2705 est issu de la molécule HLA-B27 elle-même (résidus 169-179) et possède des similitudes de séquence avec des protéines bactériennes. Ceci pourrait avoir des conséquences pathogéniques par le biais d'une reconnaissance antigénique croisée ou en modifiant la sélection du répertoire lymphocytaire T.