En dépit de morphologies extrêmement différentes, le développement du cerveau fait intervenir des réseaux génétiques conservés à très grande échelle évolutive, entre Drosophile et Souris. Les gènes à homéodomaine des classes orthodenticle et empty spiracles qui, chez les Vertébrés comme chez les Insectes, sont exprimés dans les neuromères les plus antérieurs du cerveau embryonnaire, fournissent des exemples de telles conservations. Chez les gnathostomes, ils forment de petites familles multigéniques, comportant, dans chaque cas, trois classes d'orthologie bien identifiées. Chez la Souris, les gènes paralogues jouent des rôles très différents dans le développement des régions céphaliques. Certains de ces rôles correspondent à des fonctions anciennes, conservées chez tous les Cordés, alors que d'autres concernent des fonctions beaucoup plus diversifiées, comme la morphogenèse de caractères spécifiques des gnathostomes. Les approches génétiques disponibles chez la Souris, ainsi que l'analyse comparative chez un large spectre de Vertébrés, permettent aujourd'hui d'aborder les mécanismes moléculaires impliqués dans ces diversifications fonctionnelles.