Le principal facteur limitant l'utilisation du cidofovir est sa tolérance rénale. Lorsqu'il est noté une toxicité rénale du cidofovir, celle-ci se manifeste sous la forme d'une protéinurie, d'une tubulopathie proximale et/ou d'une élévation de la créatinine. La protéinurie est un index précoce et sensible mais très peu spécifique. Elle a été notée chez environ 40 pour cent des patients. Le dysfonctionnement tubulaire, lorsque il est complet, définit un syndrome de Fanconi qui associe une hypokaliémie, une hypouricémie, une hypophosphorémie, une hypocalcémie, une baisse de la réserve alcaline et une glycosurie. Le plus souvent, le patient ne présente qu'une glycosurie. Une élévation de la créatinine qui a été décrite chez 12 pour cent des patients survient en règle après l'apparition de la protéinurie et de la glycosurie. La prévention des effets rénaux du cidofovir repose sur l'hydratation et la prescription de probénécide et la suppression des facteurs de risque associés.