Les molécules antivirales peuvent sélectionner des souches virales présentant des mutations dans le génome du VIH. Certaines modifications génotypiques s'accompagnent d'une résistance phénotypique. Il n'existe pas de résistance croisée entre molécules de classe différente (nucléosidiques, non nucléosidiques, anti-protéase), mais les résistances croisées sont fréquentes au sein de la même classe thérapeutique. La résistance du VIH aux antirétroviraux représente une des principales causes d'échec des traitements antirétroviraux, cependant elle n'explique pas tous les échappements. Le nombre de mutations de résistance est plus élevé chez les patients ayant des charges virales hautes et chez les patients multi-traités. Actuellement, l'utilisation des tests de résistance est limitée aux protocoles de recherche clinique. L'utilité des tests de résistance dans la prise en charge thérapeutique individuelle n'a pas encore pu être validée. Cependant, les indications les plus imminentes sont la surveillance épidémiologique des résistances primaires au cours des primo-infections ; l'adaptation thérapeutique après exposition accidentelle au VIH ; la prise en charge des femmes enceintes séropositives. Des études rétrospectives récentes ont montré que le génotype et le phénotype après échec d'un premier traitement prédisaient la réponse à certaines associations thérapeutiques. Ainsi, dans un avenir proche, les tests de résitance pourraient être utiles à l'adaptation d'une stratégie antivirale en relais apès échec d'un précédent traitement.