| MEDLINE / PubMed mode d'emploi (*) |
|
|
|
| [Menu général] |
Ce document n'est plus
tenu à jour, sauf en ce qui concerne les exemples de
recherches. Voir plutôt MEDLINE
via PubMed (Bibliothèque universitaire de médecine Paris-Sud XI), savoir
interroger MEDLINE (URFIST de Paris), le guide
de l'utilisateur de PubMed (Bibliothèque de l'université de la
Méditerranée) et PubMed
(Bibliothèque des sciences de la santé de Montréal).
Medline?
Les accès gratuits
L'accès PubMed
Le site PubMed
Recherche de base, avancée, express
De la nécessité d'utiliser les mots clés MeSH
Consulter le thésaurus, trouver les mots clés MeSH
Sauvegarde des stratégies et profils
Ce qu'il faut savoir
Exemples de recherches
PubMed et l'UMLS
Medline ?
Base de données bibliographiques produite par la National Library of Medicine (NLM-USA), Medline couvre tous les domaines biomédicaux : biochimie, biologie, médecine clinique, économie, éthique, odontologie, pharmacologie, psychiatrie, santé publique, toxicologie, médecine vétérinaire.
4332 titres sont actuellement indexés sur PubMed (source NLM) dont 86 revues éditées
en France. Voir aussi la liste de toutes
les revues présentes dans PubMed. Consulter Journal
Database Browser de PubMed qui donne accès aux titres, abbréviations et ISSN des
revues indexées. A noter que la NLM a récemment ajouté à cette liste une douzaine de titres
concernant les patients. Par ailleurs, la NLM a mis en ligne depuis peu MEDLINEplus, destiné à
l'information du "grand public".
Contenu de Medline : plus de 11 millions (source NLM) de références
environ depuis 1966. Les résumés sont présents pour à peu près 70% des références.
La mise à jour est quotidienne.
Monographies et résumés de congrès ne sont pas indexés.
Les périodiques ont trois niveaux différents de priorité d'indexation, leur délai d'apparition dans la base variant d'autant. Ceci explique que certaines références d' articles apparaissent plusieurs mois voire plus d'un an après leur parution.
Medline ne couvre pas la littérature médicale du monde entier. Aucune base de données n'est exhaustive, et selon les sujets, si Medline donne peu de résultats, il conviendra de s'orienter sur d'autres bases comme Aidsline, Embase, Toxline, etc ... En aucun cas une recherche infructueuse sur Medline permet d'affirmer qu'il n'existe pas de références dans la littérature sur un sujet donné.
Les accès gratuits
Ils se multiplient depuis quelques mois, et il devient très difficile de se faire une idée précise de ce qu'ils recouvrent exactement. Quelques sites ont commencé un travail de comparaison de ces différentes versions, voir cette page.
L'accès PubMed
De tous les accès gratuits à Medline, PubMed semble le plus intéressant. Expérimental durant quelques mois, l'annonce officielle de son lancement a été faite par le Vice Président Gore le 26 juin 1997. C'est donc une volonté délibérée du gouvernement américain de mettre gratuitement Medline à disposition sur l'Internet. PubMed est une réalisation du National Center for Biotechnology Information (NCBI) de la NLM. Quelques caractéristiques de PubMed : PreMedline, PubRef, Related articles, PubMed Journals Full Text et PubMed Central.
PreMedline est une base de données incluse dans Medline et contenant les références venant d'être collectées par la NLM, mais pas encore indexées avec les mots clés MeSH (Medical Subject Headings) du thésaurus. Elles sont néanmoins accessibles par les mots du titre, du résumé, ou par le nom de l'auteur. La mise à jour de PreMedline est quotidienne. Les références sont souvent fournies par les éditeurs eux-mêmes.
Related Articles. Le lien Related
Articles s'affiche en face de chaque référence et permet, par un algorithme, de retrouver
les références similaires en comparant mot clés, mots du titre et du résumé. Les
références retrouvrées sont classées par ordre de pertinence, et non pas par ordre
chronologique. Cette commande permet ainsi de compléter ou d'élargir une recherche en
faisant l'économie d'une recherche de mots clés. Toutefois, notamment pour les mots
clés d'apparition récente et leur indexation antérieure, Related Articles ne
va pas jusqu'à lire les Scope note !
Ceci permet aussi, comme le mentionne Science du 23 janvier 1998, de détecter les fraudes
bibliographiques ! [Medline
Searches Turn Up Cases of Suspected Plagiarism [et] The Internet : A
Powerful Tool for Plagiarism Sleuths by E. Marshall. - In Science, 1998, 279, pp 473-4].
PubMed Journals Full Text propose un lien vers le texte intégral de plusieurs centaines de revues. La plupart ne sont accessibles que par abonnement.
PubMed Central est un projet du NIH visant à créer une base documentaire en libre-accès dans les sciences de la vie. Voir aussi les autres projets de preprints en biomédecine.
La page d'accueil donne accès à la recherche en mode basique et pointe sur plusieurs documents. Il est vivement conseillé de lire Overview et Help afin de mieux comprendre comment se servir de cet outil. Les autres liens permettent de consulter les sites en rapport avec PubMed tels Internet Grateful Med et MEDLINEplus, des informations au sujet des Clinical Queries, ainsi que Citation Matcher qui permet aux utilisateurs de faire un lien de leurs citations vers PubMed et de retrouver aisément des références bibliographiques qui sont incomplètes ou dont certaines données sont erronées.
Recherche de base ("basic search")
Entrer un terme de recherche et cliquer sur GO. La recherche est alors effectuée dans l'ordre des champs suivants :
Si la recherche n'a rien donné sur ces quatre champs, elle est alors effectuée sur tous les champs.
Quelques exemples de translation de termes MeSH ce 15 octobre 1999 :
Dans le premier exemple, PubMed n'a pas trouvé le terme MeSH
"pain", c'est à dire, entre autres, le mot clé pain et
le qualificatif therapy qui, explosés par défaut, donnent pourtant
environ 3 fois plus de réponses sur une période de deux ans. Dans
le deuxième, PubMed n'a pas trouvé le terme MeSH "neoplasm reccurence,
local" pourtant très approprié.
Les fonctions d'affichage et de sauvegardes seront examinées plus
loin.
Cliquer sur Limits. L'écran affiche la possibilité de chercher par :
Pour reprendre la main sur la stratégie cliquer sur History. Il est
possible alors d'utiliser les différents opérateurs booléens AND, NOT, OR.
L' Index permet la consultation par ordre alphabétique ou numérique des
différents champs et l'utilisation des opérateurs booléens.
De la nécessité d'utiliser les mots clés MeSH
Parmi les champs interrogeables figurent les MeSH terms. Un exemple significatif : recherche de références sur la récidive de tumeurs.
recurrence [All Fields] --> 141 813 documents
Neoplasm Recurrence, Local --> 35 139 documents
La recherche effectuée par mots clés MeSH donne un résultat plus ciblé. De plus une
analyse plus approfondie de ces résultats (non détaillée ici) montre que les documents
non indexés avec les mots clés MeSH sont les moins pertinents. Il faut donc autant que
possible utiliser les mots-clés MeSH. D'où la nécessité de consulter le thésaurus.
Sauf si l'on est certain que le terme recherché ne souffre d'aucune synonymie, ce qui est
très rare.
Voir aussi MeSH terms must
be used in Medline searches par M. Clarke in BMJ 1997 Apr 19; 314(7088): 1203.
Consulter le thésaurus, trouver les mots clés MeSH
Avertissement : pour toute recherche sur Medline (via PubMed, IGM ou autre), il est fortement conseillé d'ouvrir systématiquement une fenêtre de son navigateur sur le MeSH 2001 de la National Library of Medicine. Accès aux MeSH Tree Structures, Scope Note, synonymes, annotations, qualificatifs, ...).
Sur PubMed, il est possible de consulter la partie hiérarchisée du thesaurus (19942 termes dans la version 2001 ; source NLM) à partir du MeSH Browser. Mais cet outil est largement surpassé par les possibilités offertes par NLM Gateway Search. La commande Find Terms permet de trouver les bons mots clés, leur "MeSH Information", les concepts en relation (UMLS), leurs qualificatifs associés (avec définitions et règles d'utilisation), et leur emplacement dans le thésaurus MeSH. Il est enfin possible, à partir de ce même outil d'exécuter la recherche directement dans la catégorie Journal Citations (= PubMed / Oldmedline) sinon copier / coller le terme trouvé dans la fenêtre PubMed. On peut utiliser les opérateurs booléens directement à ce niveau, exemple : "pain AND infant"
Lorsque la stratégie de recherche est complète, cliquer sur Go.
La recherche est effectuée sur tous les champs = All Fields par défaut. Les autres champs, dont celui des mots clés MeSH sont accessibles par limits.
Astuce de recherche (recherche "express") : entrer l'expression recherchée ou les termes les plus importants reliés par l'opérateur "AND" dans le champ Title Word, accessible en cliquant sur Limits, et activer le lien Related Articles au vu des références les plus pertinentes. En profiter pour consulter les mot clés MeSH utilisés, à l'aide du format Citation.
Résultats
Pour visualiser les documents, cliquer sur Display pour afficher résumés (Abstract report) ou résumés + mot clés MeSH (Citation report). Le format "Medline Report" permet le rapatriement des données dans des bases documentaires type Procite, Endnote, etc... La sélection des références se fait en cliquant devant chaque référence souhaitée, puis sur Add to Clipboard. Consultez ensuite Clipboard pour retrouver les références sélectionnées.
La sauvegarde des
stratégies de recherche est possible en cliquant sur Details, après
avoir effectué une recherche, puis sur URL. La stratégie de recherche
est alors sauvegardée sous forme d'URL et réexécutable à volonté. Il ne
semble actuellement pas possible de
sauvegarder les recherches combinées (#1 AND #2).
Pour limiter une recherche sauvegardée à une période donnée, la réexécuter d'abord,
puis cliquer sur Limits et choisir Entrez Date qui
propose une recherche récente par périodes de 30 jours. Pour une recherche plus
précise, par exemple du 10 au 13 octobre 1999 inclus, utiliser la syntaxe :
("1999/10/10"[EDat] : "1999/10/13"[EDat])
Cette procédure permet notamment la consultation des sommaires les plus
récents, exemple Lancet.
En ce qui concerne les profils, des services de plus en plus nombreux offrent la
possibilité de sauvegarder et de se faire envoyer des profils
avec une périodicité à la carte. On peut aussi utiliser le service Cubby, créé à cette intention par PubMed.
1. L'explosion
Lorsque le mot clé MeSH recherché est, par exemple, "Colitis", l'explosion est
automatique. C'est à dire que PubMed fait la somme des références indexées avec les
termes ci-dessous :
|
Colitis |
|
 Colitis, Ischemic |
|
 Colitis, Ulcerative |
|
 Megacolon, Toxic |
|
| Enterocolitis |
|
| Enterocolitis, Pseudomembranous |
|
 Proctocolitis |
2. La pondération = MeSH Major Topic (focus chez Ovid)
C'est la possibilité de réduire une recherche aux références les plus pertinentes.
Lorsque la pondération est utilisée d'emblée, elle réduit le nombre de références
d'environ 40% pour une pathologie et 70% pour une technique chirurgicale ; exemple :
sciatica [MeSH Terms] --> 244 documents
sciatica [MeSH Major Topic] --> 146 documentscholecystectomy [MeSH Terms] -->1308 documents
cholecystectomy [MeSH Major Topic] --> 572 documents
La pondération est à utiliser avec beaucoup de précautions.
3. All Fields
La recherche sur All Fields est effectuée par défaut et
nécessaire au moins dans trois cas de figures :
4. AIM (abridged index medicus) journals
Pour limiter une recherche aux AIM journals, c'est à dire aux 120 revues de langue anglaise
(source NLM) considérées
comme majeures en médecine clinique, utiliser la syntaxe, par exemple, "neoplasms
AND jsubseta". La recherche sera ainsi limitée aux revues comme le BMJ,
Lancet, New England Journal of Medicine, Annals of Internal Medicine, ...
5. Réserves sur le "browser"
L'expression "heart attack", souvent utilisée pour tester
l'efficacité d'un "mapping", produit sur PubMed des résultats quelque peu
surprenants puisque le "browser" ne trouve pas "myocardial
infarction", alors que la recherche dans le champ "all fields"
affiche ("myocardial infarction"[MeSH Terms] OR heart attack[Text Word])
...
6. PubMed et l'UMLS
La recherche sur un terme MeSH par Limits ou par le MeSH Browser
peut produire des résultats déconcertants. Pour le terme teaching, par
exemple, PubMed exécute un mapping automatique sur les "related terms"
du MeSH et de l'UMLS.
La requête s'effectue donc sur les termes suivants :
(("teaching"[MeSH Terms] OR "education"[MeSH Terms]) OR "Teaching"[MeSH
Terms]).
Pour effectuer une recherche strictement limitée au terme MeSH, il est
nécessaire d'utiliser des guillemets = "teaching" [mh] ou "teaching"
[mesh].
Benoit Thirion
(* le titre de ce document a
été choisi en souvenir de "La vie mode d'emploi" de Georges
Perec, écrivain et documentaliste médical. On se souviendra notamment de démonstration experimentale d'une organisation tomatotopique chez la cantatrice (Cantatrix sopranica
L.). Entre autres délices, la bibliographie est irrésistible.
© Bibliothèque médicale. CHU de Rouen.
Toute utilisation partielle ou totale de ce document doit mentionner la source.
[ Menu général] [Bibliothèque médicale] [Medline] [Haut de page]